Conformación y estructura de moléculas de interés biológico: conformación de la amoxicilina

Abstract

Este Trabajo de Fin de Grado tiene como objetivo principal el estudio teórico de la amoxicilina, analizando sus conformaciones, estimando sus energías y evaluando las interacciones intramoleculares que las estabilizan. Para la búsqueda de confórmeros se ha empleado el método CREST1 (Conformer-Rotamer Ensemble Sampling Tool). Los confórmeros obtenidos se han optimizado utilizando el funcional B3LYP con correcciones empíricas GD3-BJ a la dispersión y la base de Pople 6-311++G(d,p). Se han encontrado 54 confórmeros y se han analizado en detalle los 16 de menor energía. El confórmero más estable tiene una estructura extendida. El conocimiento de la estructura molecular es básico para entender otras propiedades moleculares y como actúa en los procesos de reconocimiento molecular.

The main objective of this End-of-Degree project is the theoretical study of amoxicillin, analyzing its conformations, estimating its energies, and evaluating the intramolecular interactions that stabilize them. The CREST1 method (Conformer-Rotamer Ensemble Sampling Tool) has been used for the conformational search. The obtained conformers were optimized using the B3LYP functional with GD3-BJ empirical corrections for dispersion and the 6-311++G(d,p) Pople basis set. A total of 54 conformers were found, and a detailed analysis was conducted on the 16 conformers with the lowest energy. The most stable conformer has an extended structure. Understanding the molecular structure is fundamental to comprehend other molecular properties and how it functions in molecular recognition processes.