The Genome Sequence of Taurine Cattle: A Window to Ruminant Biology and Evolution

Abstract

La secuencia proviene de un ejemplar bovino de la raza Hereford, en concreto una vaca denominada L1 Dominette 01449, nacida el 14 de abril de 2001, hija del macho Hereford, llamado L-1 Domino 99375, propiedad ambos del USDA Agricultural Research Service’s Livestock & Range Research Laboratory (Miles, Montana, Estados Unidos). El genoma de la vaca Dominette fue secuenciado a partir de ADN purificado de células blancas de sangre extraídas al animal. Una vez obtenido el ADN provisto se secuenció empleando secuenciadores automáticos, combinando la tecnología de secuenciación del genoma entero Whole Genome Shotgun Sequence (WGS) con estrategias de secuenciación ordenada (secuenciación de "Bacterial Artificial Chromosomes", BAC a BAC). Una vez ensamblada la secuencia se procedió a la anotación bioinformática utilizando el Otterlace software creado por el grupo HAVANA (Human And Vertebrate Analysis aNd Annotation) con el cual tuve la oportunidad de ser formada. El genoma de la vaca se reparte entre los 29 cromosomas autosómicos más el cromosoma sexual X. El tamaño del genoma de la vaca resultó de 2.870 Mpb. En esta secuencia más del 95% del total fue ADN no codificante, basura o junk DNA y la parte codificante, codifica 22.000 genes, de los cuales 18.000 se anotaron automáticamente y 4.000 fueron anotados manualmente.