La infección por Clostridioides difficile (CDI) es actualmente una de las causas más importantes de diarrea infecciosa en los países desarrollados y la principal causa en los entornos sanitarios. En este trabajo, caracterizamos la microbiota intestinal de las heces de 57 pacientes con diarrea por CDI nosocomial y adquirida en la comunidad. Realizamos un análisis ecológico mediante secuenciación de alto rendimiento de la región V3-V4 de los amplicones de ARNr 16S y evaluamos la asociación de los diversos perfiles ecológicos con los factores de riesgo de CDI. Entre todas las muestras, Bacteroidaceae 31,01%, Enterobacteriaceae 9,82%, Lachnospiraceae 9,33%, Tannerellaceae 6,16%, y Ruminococcaceae 5,64%, fueron las familias más abundantes. Una abundancia reducida de Bacteroides estaba asociada con un mal pronóstico de la CDI, con diarrea grave y una alta incidencia de recurrencia. Esta reducción estaba asociada con un sistema inmunitario del hospedador debilitado y una antibioterapia agresiva previa. La familia Peptostreptococcaceae fue del 1,56% en general y dentro de la familia el único miembro identificado fue el género Clostridioides, correlacionado positivamente con la presencia de Akkermansia que puede ser predictiva de la presencia de una CDI. Por último, un aspecto relevante que debe considerarse en la práctica clínica es el diagnostico erróneo de la CDI, ya que los pacientes con una muestra de heces que da positivo para C. difficile suelen ser diagnosticados con CDI y posteriormente tratados como tales. Sin embargo, la coinfección con otros agentes patógenos suele desempeñar un papel importante en el desarrollo de la diarrea, y debe tenerse en cuenta a la hora de prescribir un tratamiento antibiótico
