La conflictividad en la Corona de Castilla persistió después de la batalla de Villalar. Las luchas entre bandos en algunas localidades como Plasencia, Cuenca, la oposición a los regidores en Soria, y otros movimientos antiseñoriales —como los sucedidos en la provincia de Cuenca y en Almazán— se mantuvieron muy activos en la segunda mitad de 1521 y en los años siguientes. Ante esta situación, cuando Carlos V regresó a Castilla en julio de 1522, decidió dejar un margen de unos meses para que los tribunales terminasen la parte más importante de su tarea y los territorios fuesen definitivamente pacificados. Después de esto, a finales de agosto, se trasladó a Valladolid, donde asesorado por su secretario Francisco de los Cobos tomó la decisión con el Consejo Real de dejar de perseguir a los antiguos comuneros y promulgar el «Perdón General». La gravedad de los delitos cometidos autorizaba al emperador a castigar con la máxima dureza a todos los individuos y colectividades culpables de haber provocado o apoyado la insurrección. Sin embargo, el rey estaba dispuesto a mostrarse clemente.
El 28 de octubre de 1522 el documento fue firmado por el monarca, y el 1 de noviembre, festividad de Todos los Santos, en presencia del rey Carlos en la Plaza Mayor de Valladolid, de los embajadores extranjeros acreditados en su corte y de sus principales nobles y cortesanos, Cobos procedió a su solemne proclamación: «Lista de los Comuneros que fueron castigados como consta en el perdón que el Emperador concedió a dichos reinos en Valladolid a 8 de octubre de 1522. Los cuales se exceptuaron por el dicho perdón ante el Secretario Francisco de los Cobos y se publicó (...) en Valladolid a primero de noviembre de 1522».
