El Fiscal Europeo Delegado, conforme al sistema acusatorio puro, ostenta en este procedimiento especial la dirección de la investigación, actuando la autoridad jurisdiccional como Juez de Garantías Constitucionales. Dentro del sistema de principios la independencia externa es fundamental para el funcionamiento de la Fiscalía Europea. La compleja determinación de la competencia constituye una cuestión relevante en el procedimiento, donde son fundamentales aspectos tales como la ausencia de monopolio de la Fiscalía en el ejercicio de la acción penal, sus potestades en materia de actos de investigación y medidas cautelares y, las especialidades en la terminación de la investigación, con posibilidad de remisión a las autoridades nacionales, entre otras cuestiones
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