La iglesia de Santa María de Puerto (Santoña) y su honor fue uno de los dominios más importantes del monasterio de Santa María de Nájera, articulado en torno a numerosas iglesias de la Transmiera. El prior, luego abad, de Nájera era el señor de Puerto, pero el poder en la villa era en realidad compartido y disputado por las familias de la nobleza local, organizadas en bandos (La Cosa y Laverde). Al igual que en otras villas de la comarca y en la merindad, el tiempo de Isabel la Católica se caracterizó por la reanudación de las tensiones entre los bandos, expresadas aquí en violencia verbal e intimidaciones. En ese contexto el poder regio se hizo presente a través de los corregidores, pero también de la alianza con algunas familias de Puerto, como los La Cosa, o con los clérigos de la villa que buscaban sustraerse del dominio de Nájera. Por su parte, el abad de Nájera aprovechó las tensiones para nombrar alcaldes foráneos en la villa.
