Next generation Sequencing (NGS) and quantitative PCR (qPCR) as tools to detect Fusarium circinatum in different pine species

Abstract

Fusarium circinatum, el agente causal del chancro resinoso del género Pinus, ha sido reportado mundialmente. En Europa es considerado una plaga de cuarentena (A2) y en España causa daños económicos en pinos, siendo la especie más susceptible Pinus radiata. Para la detección de F. circinatum en muestras de diferentes orígenes, se puede aplicar diferentes técnicas como la secuenciación de nueva generación (NGS) y la PCR cuantitativa (qPCR). En este contexto, el objetivo del trabajo fue evaluar la qPCR como técnica de detección de F. circinatum en muestras de tronco de cinco especies de pinos (Pinus radiata, P. pinaster, P. nigra, P. sylvestris y P. uncinata) y comparar los resultados con los datos obtenidos en secuenciación masiva basada en la región ITS. Con esta última técnica no fue posible detectar F. circinatum en las muestras analizadas, sin embargo, otras especies de Fusarium sí fueron detectadas. La PCR cuantitativa fue exitosa, aunque en algunas muestras se vió afectada por inhibidores como polisacáridos y compuestos fenólicos, teniendo que recurrir a la PCR anidada (PCR convencional seguida de qPCR). Con excepción de P. pinaster, F. circinatum fue detectado en todas las especies de Pinus de las muestras recogidas. En P. radiata, el hongo fue detectado tanto en la zona de inoculación (15cm) como a 65 y 165 cm de altura, lo que nos proporciona una interesante información sobre el movimiento del patógeno en la planta.