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Título
Evaluación de métodos para la imputación de valores no detectados en datos de expresión de citoquinas
Autor
Director o Tutor
Año del Documento
2021
Titulación
Grado en Estadística
Resumo
El análisis estadístico de datos inmunológicos puede resultar complicado dado
que en ocasiones no se pueden determinar niveles cuantitativos precisos. En su
lugar, es habitual tener que trabajar con valores que están por debajo de un límite
de detección (valores no detectados). El objetivo de este trabajo es evaluar
diferentes métodos para imputar valores no detectados en diferentes situaciones
que aparecen frecuentemente en este contexto y cuya aplicación es importante
para obtener resultados apropiados.
Se comparan cinco métodos: sustitución por un valor sencillo considerando 0, el
límite de detección, y la mitad del límite de detección, extrapolación por el método
ROS (Regresion on Order Statistics) y Kaplan-Meier. Para ello, se llevan a cabo,
en primer lugar, un estudio de simulación que nos permite evaluar el
comportamiento de los cinco métodos en diferentes escenarios. Posteriormente
se analizan datos reales de expresión de citoquinas proporcionados por el
Instituto de Oftalmología Aplicada (IOBA) de la Universidad de Valladolid (UVa).
Con los resultados obtenidos en la simulación y en el análisis de datos reales,
se puede concluir que, (i) los métodos de sustitución no son una buena elección,
(ii) que el método de Kaplan-Meier funciona bien en el caso de que no exista
expresión diferencial, y, (iii) que el método ROS es el que, en general, presenta
los resultados más satisfactorios en diferentes escenarios, siendo una buena
opción cuando el porcentaje de valores no detectados es menor que el 50%. The statistical analysis of immunological can be difficult because determining
precise quantitative levels is occasionally not possible. In practice, however, it is
usual to see observations whose values are under a detection limit (nondetects
values). The purpose of this work is to evaluate different methods to impute
nondetected values in different situations that appear frequently in this context
and whose use is relevant to obtain proper conclusions.
Five methods are compared: single value substitution with 0, detection limit and
half detection limit, extrapolation by ROS (Regression on Order Statistics)
method and Kaplan-Meier. For that, first a simulation study is carried out to
assess the five methods behaviors in different scenarios. Then, actual cytokines
expression data provided by the Instituto de Oftalmología Aplicada (IOBA) from
the Universidad de Valladolid (UVa) are analyzed. Finally, the outcome of these
two analyzes allows us to conclude that (i) substitution methods are not a good
option, (ii) the Kaplan-Meier method works well when there is no differential
expression and (iii) the ROS method presents the most satisfactory results in
different scenarios, being a good option when the non-detected value ratio is
below 50%.
Palabras Clave
Citoquinas
Datos inmunológicos
Idioma
spa
Derechos
openAccess
Aparece en las colecciones
- Trabajos Fin de Grado UVa [28700]
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