Alteración de los patrones de splicing en genes de susceptibilidad a cáncer de mama: análisis funcional mediante minigenes híbridos.

Abstract

5-10% of all breast cancers are hereditary and, therefore, attributable to deleterious germline mutations in predisposition genes. Recently, two large case/control studies have revealed that 8 genes are significantly associated with breast cancer: BRCA1, BRCA2, PALB2, CHEK2, ATM, BARD1, RAD51C and RAD51D. Screening of these genes using high-throughput sequencing has allowed the detection of thousands of variants, many of them classified as variants of unknown significance (VUS). Interestingly, splicing dysregulation is a prevalent etiopathogenic mechanism in breast cancer susceptibility genes. In this context, functional splicing assays of potentially spliceogenic variants reported in breast cancer susceptibility genes will allow the reclassification of a large fraction of VUS. The aim of this PhD thesis is to functionally and clinically classify splice site variants identified in the breast cancer predisposition genes CHEK2 and RAD51C, as well as to characterize the regulatory mechanisms involved in the inclusion of exons subject to alternative splicing, such as exons 8 and 10 of CHEK2, and special exons, such as BARD1 exon 4 (macroexon) and BRIP1 exon 1 (GC donor).

De un 5-10% de todos los cánceres de mama se consideran de tipo hereditario y, por tanto, atribuibles a mutaciones germinales deletéreas en genes de predisposición a esta enfermedad. Recientemente, dos grandes estudios caso/control han evidenciado que son 8 genes los que muestran una asociación significativa con el cáncer de mama: BRCA1, BRCA2, PALB2, CHEK2, ATM, BARD1, RAD51C y RAD51D. El rastreo de estos genes empleando técnicas de secuenciación masiva ha permitido la detección de miles de variantes, muchas de ellas clasificadas como variantes de significado clínico desconocido (VUS). Interesantemente, la desregulación del splicing es un mecanismo etiopatogénico prevalente en genes de susceptibilidad a esta enfermedad. En este contexto, los ensayos funcionales de splicing de variantes potencialmente espliceogénicas permitirán la reclasificación de una amplia fracción de VUS. El objetivo de esta tesis doctoral es la clasificación funcional y clínica de variantes de sitios de splicing identificadas en los genes de predisposición a cáncer de mama CHEK2 y RAD51C, así como la caracterización de los mecanismos reguladores implicados en la inclusión de exones sujetos a splicing alternativo, como los exones 8 y 10 de CHEK2, y de exones especiales, como el exón 4 de BARD1 (macroexón) y el exón 1 de BRIP1 (donador GC).