l "Chorizo de Léon" es un embutido seco fermentado español de alto valor que se elabora tradicionalmente sin utilizar cultivos iniciadores, debido a la actividad de una microbiota autóctona que contamina la carne de forma natural a partir del entorno, el equipo y las materias primas. El objetivo fundamental de este trabajo fue caracterizar la microbiota de las distintas fases de fermentación del “Chorizo de León” y la influencia del uso de un probiótico identificado en el ICTAL (universidad de León) sobre la misma. Para ello se propone la utilización de técnicas de Next-Generation Sequencing (NGS) que pusimos a punto por primera vez en el laboratorio que permite el estudio de la ecología microbiana amplificando, generando librerías y secuenciando específicamente fragmentos del gen 16S rRNA, lo que permite no solo identificar y clasificar taxonómicamente filogenéticamente los distintos taxones bacterianos presentes en una muestra o ambiente, ya sean cultivables o no mediante técnicas de microbiología clásica, si no también realizar una cuantificación . Se identificó que las bacterias lácticas (sobre todo Lactobacillus) y los cocos coagulasa negativos (principalmente Staphylococcus) son los grupos bacterianos más importantes en relación con las propiedades organolépticas y de seguridad de este embutido crudo curado fermentados. En este estudio se tomaron muestras de cinco productores diferentes, desde la carne picada cruda hasta los productos finales, y se investigó la diversidad microbiana mediante secuenciación de alto rendimiento de amplicones del gen 16S rRNA. La diversa composición microbiana observada durante las primeras etapas del "Chorizo de Léon" evolucionó durante la maduración hacia una microbiota compuesta principalmente por Lactobacillus en el producto final. El oligotipado realizado a partir de las secuencias del gen 16S rRNA de las poblaciones de Lactobacillus y Staphylococcus reveló una diversidad a nivel de subgénero dentro de los diferentes fabricantes, probablemente responsable de las propiedades organolépticas características de los productos de las distintas empresas.
